Εισερχόμενοι στην Ι. Μονή από την κεντρική είσοδο (Οδός Γενναδίου 14) και αναβαίνοντας τα μαρμάρινα σκαλοπάτια του Μοναστηριακού περιβόλου βρίσκεστε μπροστά στο επιβλητικό Καθολικό της Ι. Μονής Ασωμάτων – Πετράκη. Μπροστά του (νοτιοδυτικά) βρίσκεται ο τάφος του διδασκάλου του Γένους Κωνσταντίνου Οικονόμου του εξ Οικονόμων. Τα υπάρχοντα διάφορα αρχαία, επίγραφα και μη, μαρμάρινα τμήματα στον περίβολο της Ι. Μονής αποτελούν ένδειξη και μαρτυρία ότι ο χώρος με τα κτίσματά του γνώρισαν αρκετές ανακαινίσεις, επισκευές και μετασκευές (15ο αιώνα, και κατά τα έτη 1673, 1689, 1704, 1719, 1804, 1938-40, 1960-71) με σημαντικότερη όλων αυτή του 1673 από την οποία πήρε και την προσωνυμία ως Ιερά Μονή Ασωμάτων Πετράκη.
Την ανακαίνιση αυτή έκανε από την ονομαστή Ι. Μονή του Φιλοσόφου της Δημητσάνης προερχόμενος Ιερομόναχος Παρθένιος Πετράκης και συνάμα εύπορος Ιατρός, ο οποίος είχε εγκατασταθεί και εγκατεβίωνε στην αξιολογότατη Ιερά Μονή του Προφήτου Προδρόμου η οποία βρισκόταν στο όρος Υμηττός, με την προσωνυμία του Καρέως, στην οποία είχε υπαχθεί η Ι. Μονή των Ασωμάτων, ως Μετόχιο – γνωστή τότε με την ονομασία ” Ι. Μονή των Ασωμάτων του Κουκουπούλη “
Εργασίες ανακαίνισης, μετασκευής η τοιχογράφηση (ιστόρησης) έγιναν κατά τη θητεία όλων των ηγουμένων με κυριότερους σταθμούς:
α) Κύρια και γενική από του Παρθενίου Πετράκη (κοιμήθηκε το 1686) ανακαίνιση του 1673, σύμφωνα με υπάρχουσα εντός του Ι. Ναού (Καθολικού) υπεράνω του νοτιοανατολικού κίονος επιγραφή.
β) Συμπληρωματική ανακαίνιση από του Ηγουμένου Ιωακείμ (κοιμήθηκε το 1706) ανεψιού του Παρθενίου.
γ) Κατά την θητεία του Ηγουμένου Δαμασκηνού, επίσης ιατρού-τρίτης γενιάς ανεψιού του Παρθενίου-έγιναν :
-τοιχογράφηση (ιστόρηση) του κυρίως Ναού (Καθολικού) το έτος 1719, υπό Γεωργίου Μάρκου (Κρητικής Σχολής Ζωγραφικής-ήτοι, κατά τα πρότυπα των Κρητικών Ζωγράφων του 16ου αι.),
-Ανακαίνιση της Τράπεζας της Ι. Μονής (σύμφωνα με επιγραφή εντοιχισμένη στη νότια πλευρά-θέση όπου ευρίσκεται η μη υπάρχουσα σήμερα Τράπεζα.
δ) Κατά τη θητεία του Ηγουμένου Διονυσίου Πετράκη έγιναν :
-το έτος 1798, περιτοίχιση της Ι. Μονής (υπάρχων περιβολότοιχος)
-το έτος 1804, προσθήκη νάρθηκα (προφανώς του υπάρχοντος εξωνάρθηκα), σύμφωνα με επί μαρμάρου επιγραφή, μεταφερθείσα το 1915 από την Ι. Μονή Ασωμάτων-Πετράκη στο Βυζαντινό Μουσείο.
ε) Κατά το έτος 1834, έγιναν πιθανώς ορισμένες μετασκευές κτισμάτων, καθ’ ότι με τη μεταφορά της Πρωτεύουσας του Ελληνικού Κράτους στην Αθήνα, η Ι. Μονή Πετράκη χρησιμοποιήθηκε ως πυριτιδαποθήκη του Κράτους-για λόγους ασφαλείας και λόγο ελλείψεως άλλων καταλλήλων κτιριακών εγκαταστάσεων.
στ) Το 1865, πλησίον της εισόδου του Καθολικού (βορειοδυτικώς αυτού) προστέθηκε κωδωνοστάσιο, σύμφωνα με πληροφορία από υπάρχουσα υπ’ αυτού επιγραφή.
ζ) Η τοιχογράφηση (ιστόρηση) του υπολοίπου μέρους του Ι. Ναού (νάρθηκα-εξωνάρθηκα) άρχισε το 1971 και έγινε από τον σύγχρονο αγιογράφο Ι. Καρούσσο (τεχνοτροπίας αγιογράφησης, εντασσόμενης στη λεγομένη Μακεδονική Σχολή Ζωγραφικής με κυριότερο εκπρόσωπό της τον Μανουήλ Πανσέληνο).