Η Αγία Φιλοθέη γεννήθηκε το έτος 1522 μ.Χ. στην τουρκοκρατούμενη τότε Αθήνα από ευσεβείς γονείς, τον Άγγελο Μπενιζέλο και τη Συρίγα Παλαιολογίνας, γόνου της ιστορικής βυζαντινής οικογένειας. Η μητέρα της δεν μπορούσε να τεκνοποιήσει και απέκτησε την Αγία μετά από θερμή και συνεχή προσευχή στο Θεό και την Παναγία.

Το πατρικό σπίτι της Ρεβούλας ή Ρηγούλα (Παρασκευούλα), όπως ήταν το κοσμικό της όνομα, βρισκόταν εκεί που σήμερα υψώνεται το μέγαρο Aρχιεπισκοπής Αθηνών, γι’ αυτό άλλωστε, η οδός αυτή ονομάζεται οδός Αγίας Φιλοθέης.

Οι γονείς της, μαζί με την χριστιανική ανατροφή, έδωσαν στην μοναχοκόρη τους κόρη και κάθε δυνατή, για την εποχή εκείνη, μόρφωση. Έτσι η Ρηγούλα προτού γίνει μοναχή, όσο αύξανε κατά την σωματική ηλικία, «τόσο προέκοπτε και κατά την ψυχή», όπως λέει το συναξάρι της.

Σε ηλικία 14 ετών οι γονείς της αποφάσισαν να την παντρέψουν με τον κατά πολύ μεγαλύτερό της Ανδρέα Χειλά, ο οποίος ανήκε σε αρχοντική οικογένεια της Αθήνας. Ήταν ένας γάμος ενάντια στη θέλησή της, που διήρκεσε τρία χρόνια, έπειτα η Ρεβούλα έμεινε χήρα.Στα 17 της χρόνια ήταν όμορφη, πάμπλουτη, καταγόμενη από δύο αρχοντικές και σημαντικές οικογένειες, μορφωμένη και ελεύθερη. Οι σημαντικότερες οικογένειες της Αθήνας την διεκδικούσαν για νύφη τους. Οι γονείς της την πίεζαν έντονα να συνάψει δεύτερο γάμο, όμως αυτή τη φορά η Ρεβούλα δεν εισάκουσε την επιθυμία των γονέων της, δηλώνοντας ότι επιθυμεί να ακολουθήσει ασκητική ζωή. Έτσι, μετά το θάνατο των γονιών της, αφιερώθηκε εξ ολοκλήρου στον Χριστό, έγινε μοναχή και έλαβε το όνομα Φιλοθέη.

Αρχικά, μετά από εντολή του Αγίου Ανδρέα του Πρωτόκλητου, τον οποίο είχε δει σε όραμα, οικοδόμησε ένα γυναικείο μοναστήρι με αρκετά κελιά, στο οποίο και έδωσε το όνομα του Αγίου για να τον τιμήσει. Στο μοναστήρι πρόσθεσε και άλλα αναγκαία οικοδομήματα και εκτάσεις και το προικοδότησε με μετόχια και υποστατικά.

Στο κοινόβιο αυτό εισήλθε πρώτη ως Ηγουμένη μαζί με άλλες μοναχές, κόρες επιφανών οικογενειών της Αθήνας. Η ίδρυσή του πρέπει να τοποθετηθεί περί το 1571. Σε αυτό εγκαταβιούσαν περί τις 150 μοναχές, ανάμεσα στις οποίες και μερικές εκχριστιανισμένες μουσουλμάνες, αλλά και Κύπριοι σκλάβοι μετά την πτώση της Κύπρου στους οθωμανούς την ίδια περίοδο.

Το μοναστήρι αυτό του Αγίου Ανδρέα σωζόταν στην Αθήνα, με τη Χάρη του Θεού, επί πολλά έτη μετά την κοίμηση της Αγίας. Το μοναστήρι σεμνυνόταν και εγκαλλωπιζόταν με το θησαυρό του τιμίου και αγίου λειψάνου της Αγίας, το οποίο ήταν αποθησαυρισμένο και αποτεθειμένο στο δεξιό μέρος του Ιερού Βήματος, όπου και το ασπάζονταν με ευλάβεια όλοι οι Χριστιανοί. Το τίμιο λείψανο της Αγίας σκορπούσε ευωδία, γεγονός που αποτελούσε εμφανή μαρτυρία και απόδειξη της αγιότητας αυτής.

Το παράδειγμά της, λοιπόν, να αφιερωθεί στον Χριστό, το ακολουθούν και άλλες νέες. Η Οσία, παρά τις αντιδράσεις των Τούρκων, οικοδομεί διάφορα φιλανθρωπικά ιδρύματα, νοσηλευτήρια, ορφανοτροφεία. Διδάσκει με τα λόγια και με τη ζωή της. Στηρίζει τους πονεμένους σκλάβους με την προσευχή της. Ιδιαίτερες είναι οι φροντίδες της για να σώσει από τον εξισλαμισμό ή την αρπαγή από τον κατακτητή, τις νέες Ελληνίδες. Το έργο της ξεπέρασε τα όρια της Αθήνας και έγινε γνωστό σε όλη την Ελλάδα.

Η όλη όμως δράση της Αγίας Φιλοθέης εξαγρίωσε κάποτε τους κατακτητές. Τη νύχτα της 2ας προς 3ης Οκτωβρίου του 1588, κατά τη διάρκεια ιερής ολονυχτίας που επιτελούσαν οι μοναχές προς τιμή του Αγίου Διονυσίου του Αρεοπαγίτου (πολιούχου αγίου της Αθήνας) στο εκκλησάκι του Αγίου Ανδρέα, οι Τούρκοι εφορμούν εκ νέου, συλλαμβάνουν τη Φιλοθέη και έπειτα από βασανιστήρια την εγκαταλείπουν ημιθανή έξω από τη μονή της.

Έξω από το ναό, στα δεξιά της εισόδου του, σώζεται η κολόνα, όπου η Φιλοθέη δέθηκε και μαστιγώθηκε. Οι μοναχές της την μετέφεραν στην κρύπτη της στην Καλογρέζα. Εκεί η Φιλοθέη υποκύπτει στα τραύματά της στις 19 Φεβρουαρίου του 1589.

Στο μέρος όπου παρέδωσε το πνεύμα της, στην περιοχή της Καλογρέζας, υψώνεται ο Ι. Ν. της Αγίας Φιλοθέης, ενώ το όνομά της φέρει και ολόκληρο το γνωστό προάστιο των Αθηνών, η Φιλοθέη.

Είκοσι ημέρες μετά από την κοίμηση της Αγίας, ο τάφος της ευωδίαζε. Ακόμη, όταν μετά από ένα έτος έγινε η ανακομιδή, το τίμιο λείψανό της βρέθηκε σώο και ακέραιο.

H Φιλοθέη ανακηρύχθηκε αγία επί Oικουμενικού Πατριάρχη Mατθαίου B΄ (1595 – 1600 μ.Χ.).