Ο παπα-Εφραίμ Κατουνακιώτης γεννήθηκε το 1912 στο Αμπελοχώρι Θηβών. Ο πατέρας του ονομαζόταν Ιωάννης Παπανικήτας και η μητέρα του Βικτωρία. Το κοσμικό όνομά του ήταν Ευάγγελος. Στη Θήβα, όπου είχε μετακομίσει η οικογένεια του, σε σπιτικό κοντά στον περικαλλή Ναό της Μεγάλης Παναγίας τελείωσε το Γυμνάσιο αλλά η Χάρις του Θεού έκλεινε στον Ευάγγελο τις κοσμικές θύρες της αποκατάστασης.
Η ζωή του Ευάγγελου ήταν καλογερική. Αγωνιζόταν πνευματικά με την ευχή του Ιησού, τις μετάνοιες, την νηστεία και κυρίως με την υπακοή. Η μητέρα του αξιώθηκε να λάβει πληροφορία από τον Όσιο Εφραίμ τον Σύρο ότι το θέλημα του υιού της να γίνει μοναχός ήταν και θέλημα Θεού και πως ο Ευάγγελος θα τιμήσει την μοναχική ζωή! Στη Θήβα γνώρισε τους Μοναχούς και μετέπειτα Γεροντάδες του τον Eφραίμ και τον Νικηφόρο που κατάγονταν από το Πυρί, προάστιο της πόλης.
Την 14η Σεπτεμβρίου 1933 ο Ευάγγελος άφησε τον κόσμο ήλθε στην έρημο του Αγίου Όρους στα Κατουνάκια, στο Ησυχαστήριο του Οσίου Εφραίμ του Σύρου και έβαλε μετάνοια στην συνοδεία των Γεροντάδων Εφραίμ και Νικηφόρου. Μετά την δοκιμασία του εκάρη μικρόσχημος μοναχός με το όνομα Λογγίνος. Το 1935 έγινε μεγαλόσχημος μοναχός από τον Γέροντα του Νικηφόρο και έλαβε το όνομα Εφραίμ. Τον επόμενο χρόνο χειροτονήθηκε Ιερέας.
Αξιώθηκε να γνωρίσει τον “πρύτανη” της ησυχαστικής ζωής τον διορατικό, προορατικό και νέο Άγιο Γέροντα Ιωσήφ τον Ησυχαστή (1898 -1959) και συνδέθηκε πνευματικά μαζί του με την ευλογία του Γέροντά του Νικηφόρου. Ο Γέροντας Ιωσήφ με την σειρά του είχε διδαχθεί την απλανή πνευματική ζωή από τους περίφημους ησυχαστές μοναχό Καλλίνικο και Ιερομόναχο Δανιήλ.
Ο Όσιος Εφραίμ διαχώρισε την γνήσια υπακοή από την “αρρωστημένη” συμβουλεύοντας κοινοβιάτη μοναχό να κάνει υπακοή στον Γέροντα του όχι σαν “ζώο”, αλλά από αγάπη και ζήλο Θεού.
Ο άγιος Γέροντας Ιωσήφ ο Ησυχαστής έδωσε ένα πρόγραμμα ησυχαστικής ζωής στον παπα-Εφραίμ, για να καλλιεργεί την ευχή «Κύριε Ιησού Χριστέ, Υιέ του Θεού, ελέησoν με», ώστε να έχει “φυλακή των αισθήσεων” και τον οδήγησε στην κάθαρση της καρδίας και τον θείο φωτισμό.
Ο παπα-Εφραίμ με την ευλογία του Γέροντος Ιωσήφ εντρύφησε στην «Φιλοκαλία των Ιερών Νηπτικών» και ελάμβανε τις συμβουλές των Νηπτικών Πατέρων για τον αγώνα του.
Το 1973 εκοιμήθη ο Γέροντάς του Ιερομόναχος Νικηφόρος (ο Θηβαίος). Το 1980 τήρησε την εντολή του Γέροντος Ιωσήφ να αποκτήσει Συνοδεία μετά τον θάνατο του παπα-Νικηφόρου.
Ο Όσιος Εφραίμ πολέμησε τον μεγάλο εχθρό της πνευματικής ζωής την κενοδοξία. Οι θυσίες του γίνονταν για τον Χριστό καί όχι για προσδοκώμενο έπαινο από τους ανθρώπους.
Κάποτε ένας νέος ζήτησε από καλογέρι του παπα-Εφραίμ μία εικονίτσα από το κελί του Γέροντα. Ο μοναχός πήρε ευλογία από τον παπα-Εφραίμ να την δώσει και μόλις ο νέος άρχισε να σκέφτεται πονηρά και με τον λογισμό, πως θα κάνει επίδειξη στην πόλη του με την εικονίτσα, πού θα του έδινε ο παπα-Εφραίμ, ο μακαριστός άγιος γέροντας πήρε πληροφορία από τον Θεό και έδωσε εντολή να μη δοθεί το εικονάκι.
Η θ. Λειτουργία για τον παπα-Εφραίμ ήταν συγκλονιστικό και βιωματικό γεγονός. Είχε εκμυστηρευθεί σε Ιερομόναχο πνευματικό φίλο του ότι από την πρώτη θεία Λειτουργία που τέλεσε, έβλεπε αισθητά την Χάρη του Θεού να μεταβάλλει τα Τίμια Δώρα! Μάλιστα, μετά τον καθαγιασμό των τιμίων δώρων, έβλεπε τον ίδιο τον Χριστό μέσα στο δισκάριο και ήταν αδύνατον να συγκρατήσει τα δάκρυα του, όταν έφθανε στο τεμαχισμό του Σώματος του Χριστού. Έβρεχε με τα δάκρυα του το Αντιμήνσιο κατά την θεία Λειτουργία και έβλεπε δεξιά και αριστερά τους αγγέλους να συλλειτουργούν!
Ήταν κοσμημένος με το διορατικό χάρισμα και έβλεπε την πνευματική κατάσταση κάθε κληρικού ή μοναχού και έδιδε τα κατάλληλα πνευματικά φάρμακα για την πρόοδο στην πνευματική ζωή.
Η Χάρις του Θεού είχε κοσμήσει τον παπα-Εφραίμ και με το προορατικό χάρισμα, γι΄ αυτό και έβλεπε καταστάσεις που έρχονταν (όπως ο σεισμός του 1977 στην Θεσσαλονίκη), αλλά και πολλές φορές είχε προσφωνήσει λαϊκούς ακόμα και μικρά παιδιά με τα ονόματα πού έλαβαν μετά από χρόνια στην μοναχική τους Κουρά!
Μάλιστα, κάποιος φοιτητής έστειλε μία επιστολή στον μακαριστό Γέροντα και έλαβε απάντηση από τον παπα-Εφραίμ, που του περιέγραφε με λεπτομέρειες την πνευματική του κατάσταση ακόμα και καταστάσεις στον χώρο που διέμενε ο φοιτητής χωρίς αυτός να τις έχει προαναφέρει.
Κάποτε άγνωστοι μεταξύ τους κληρικοί συναντήθηκαν στον δρόμο για τα Κατουνάκια και όταν έφτασαν στον παπα-Εφραίμ, ο μακαριστός άγιος Γέροντας άρχισε να επιπλήττει έναν από τους “κληρικούς”, πώς δεν είναι παπάς αλλά μασόνος, πού έβαλε ράσο, για να κατασκοπεύσει το Άγιον Όρος… Ο μασόνος παραδέχτηκε την ραδιουργία του.
Κάποτε ένας Ηγούμενος, δύο θεολόγοι και ένας φοιτητής ζήτησαν από τον παπα-Εφραίμ να τους εξηγήσει την ευωδιά των αγίων λειψάνων. Ο Γέροντας έσκυψε το κεφάλι του στο μέρος της καρδιάς και προσευχόταν. Ο τόπος γέμισε ευωδιά και ο παπα-Εφραίμ τους είπε πως επειδή δεν μπορούσε ο ίδιος να το εξηγήσει παρακάλεσε τον Θεό να απαντήσει στους συνομιλητές.
Αισθανόταν τις αμαρτίες σαν δυσοσμία. Κάποιος Επίσκοπος μέσω τρίτου ρώτησε τον μακαριστό άγιο Γέροντα για κάποιο σοβαρό εκκλησιολογικό θέμα. Ο Γέροντας έκανε προσευχή, για να τον πληροφορήσει ο Θεός και τότε ξεχύθηκε μία δυσωδία με γεύση ξινή, αλμυρή και πικρή, πού τον γέμισε με αποτροπιασμό.
Η παρακαταθήκη του μακαριστού Γέροντα για την ενότητα των Ορθοδόξων ήταν σαφής: «το σχίσμα εύκολα γίνεται, η ένωση είναι δύσκολος».
Αναδείχθηκε με την Χάρη του Θεού και πρακτικός οδηγός στην ποιμαντική του γάμου και της οικογενείας, γιατί βοήθησε πολλούς νέους να καταλήξουν στον γάμο χωρίς να τους πιέσει γι’ αυτό αλλά και οι επιστολές του, πού σώζονται, αποτελούν πνευματική παρακαταθήκη και «σχολή γονέων» χωρίς ψυχολογικές και φιλοσοφικές θεωρίες για τις αγωνιζόμενες πνευματικά οικογένειες.
Το 1996 ο παπα-Εφραίμ έπαθε εγκεφαλικό επεισόδιο και έπεσε σε ακινησία. Δεν γόγγυσε καθόλου αλλά δοξολογούσε τον Θεό αφήνοντας άγιο παράδειγμα σε μας για την αντιμετώπιση των ασθενειών.
Στις 14/27 Φεβρουαρίου 1998 ο Γέροντας π. Εφραίμ Κατουνακιώτης ο “θρύλος” του Αγίου Όρους παρέδωσε την αγιασμένη ψυχή του στα χέρια του Δημιουργού του, που υπηρέτησε από την νεότητα του.
Η Αγία και Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου προέβη στην αναμενόμενη Αγιοκατάταξή του την 9η/3/2020 μαζί με τον Άγιο Γέροντα και καθοδηγητή του, Όσιο Ιωσήφ το Σπηλαιώτη και τον Όσιο Δανιήλ τον Κατουνακιώτη.